Com dados limitados (digamos, um ano de notas?) TiddlyWiki é realmente muito bom.
Ele corresponde aos seus requisitos de ser leve, embora não seja muito grande, você pode compactar o arquivo HTML único e usá-lo com o seu navegador favorito.
Seu problema começa quando você quer hospedar a partir de máquinas remotas (ao invés de sua máquina local) e quando várias pessoas querem trabalhar com ela - é quando você deve considerar o MediaWiki.
Normalmente, para o TiddlyWiki de usuário único, basta manter um git archive no servidor central e retirá-lo sempre que quiser trabalhar com ele (em vez de hospedá-lo em um servidor remoto).
Para manter as coisas claras, considere um conjunto de tags que categorizará entradas que precisam estar disponíveis por longo prazo (em meses ou anos) e alternar para um novo HTML TiddlyWiki periodicamente (migrar as entradas de longo prazo para o novo arquivo - TiddlyWiki suporta isso). Isso manterá o arquivo HTML em funcionamento pequeno.
Mas existem outras alternativas como o Evernote também - com muitos outros recursos úteis.