Wikipedia tem algumas respostas.
Foi originalmente feito por Eazel, mas Eazel já se foi. Nautilus vive através do projeto GNOME agora.
Com o software GPL de código aberto, a propriedade de um projeto é realmente uma questão de quem quer colocar o trabalho em algo. Como qualquer pessoa pode copiar um projeto e fazer sua própria versão, às vezes você verá um projeto sendo trabalhado por dois ou mais grupos de uma só vez. Isso pode acontecer quando dois grupos discordam sobre a direção para o projeto entrar, então eles "bifurcam" em dois caminhos diferentes.
No caso do Nautilus, com o desaparecimento de Eazel e o GNOME ainda trabalhando no projeto, não há discordância aqui. Está claro que a versão do GNOME é a "oficial".
Eu acredito que não seja usado por nenhum outro ambiente. Não tenho certeza se o Nautilus pode ser executado sem outros componentes do GNOME. Espero que ele seja executado e qualquer função que exija componentes do GNOME simplesmente não funcionaria. Se você tem um sistema rodando com o KDE, tente iniciar o Nautilus e veja como ele reage.