Você terá que configurar um Filtro USB para isso.
Estou especificamente criando um ambiente VirtualBox para lidar com arquivos de malware. Quando conecto minha pen drive USB, quero que ela seja aberta no ambiente virtual, mas o ambiente principal, ou seja, o Windows 7, não deve ser capaz de reconhecê-la.
Você terá que configurar um Filtro USB para isso.