Se você tiver makeactive em você menu.lst entrada para o Windows tente removê-lo para ver se isso ajuda.
Eu tenho uma configuração dual boot com Ubuntu e Windows 7, geralmente uso o Ubuntu, mas algumas vezes inicio o Windows 7. Toda vez que uso o Windows 7 meus freios de instalação do GRUB2 e assim que o GRUB2 é iniciado o computador é reinicializado e continua fazendo isso para sempre.
Eu então preciso inicializar com o live CD, chroot e reinstalar o GRUB2. Isso leva muito tempo é muito chato.
Obviamente, algo no próprio Windows ou algum aplicativo no Windows reescreve uma parte do MBR. Não consigo entender que isso não seja considerado um grande problema de segurança no Windows, já que ele remove o computador completamente, para que nenhum sistema operacional possa ser inicializado.
Posso, de alguma forma, proteger o MBR no Windows? Existe algum tipo de software embutido no Windows ou algum anti-vírus ou similar que possa fazer isso?
Independentemente de qual aplicativo no Windows que freia o MBR, deve haver uma maneira geral de negar que esses aplicativos gravem permissões para o MBR.
Se você tiver makeactive em você menu.lst entrada para o Windows tente removê-lo para ver se isso ajuda.