disco pode estar com defeito ou controlador / cabos.
executar:
sudo apt-get install smartmontools
e depois
sudo smartctl -d ata -a /dev/sdX|more
[por exemplo, sda - se for o primeiro disco sata]. leia a saída - possivelmente você encontrará algo sobre erros de superfície ou erros na comunicação.
execute o autoteste:
sudo smartctl -d ata -t long /dev/sdX
e após 2h ou mais, verifique o resultado com o comando anterior. Se você não vê vestígios de problemas - substitua o cabo SATA, verifique se a unidade funciona em outra placa-mãe.