Você pode tentar remover o arquivo usando seu inode :
ls -il
você deve ver algo como:
99999 d????????? ? ? ? ? ? .libs/
em que 99999 é o número do inode. Então tente
find . -inum 99999 -exec rm -i {} \;
você provavelmente terá que 'sudo' o comando find, já que a propriedade está corrompida.
Se este diretório tiver arquivos nele, você acabará criando órfãos & precisará fsck seu disco.