Eu tive o mesmo comportamento. Clicar no botão Restaurar padrões no painel Teclas modificadoras ... do Teclado & O painel do mouse das Preferências do Sistema (respire profundamente) de 10.5.8 não funcionou para desmembrar as teclas Comando e Opções mas, clicando nele depois de conectar um teclado não-Apple funcionou, então o teclado do MacBook Pro começou a funcionar corretamente (um grande alívio).