Se o Intel Pro / 1000 MT for a edição "Server", ele deverá superar qualquer NIC on-board devido ao descarregamento (os dados do processo dos cartões do servidor no cartão, liberando sua CPU para preparar o próximo bit de dados).
Eu procurei no site da Intel um pouco, e parece que a edição "Desktop" do Pro / 1000 MT também pode suportar alguns tipos de descarregamento nas configurações avançadas. Mas a documentação é incompleta quando o cartão é descontinuado e agrupado com vários outros cartões.
Se essas opções estiverem disponíveis para serem ativadas nas configurações avançadas do conjunto de driver Intel NIC (completo), então eu apostaria no adaptador PCI MT Desktop com certeza. :)