Você pode alterar as associações em gconf-editor . Expandir área de trabalho - > gnome - > url-handlers e encontre a entrada para FTP e mude o comando para suas preferências.
Essa pergunta é exatamente o que é dito na lata.
No momento, com as configurações padrão, todos os links ftp: // (mesmo os favoritos no menu Places criados com o "Connect to Server", que é aberto no Nautilus pela primeira vez) são abertos no Firefox (que só pode ler, não escrever). Então eu tenho que copiar o URL no nautilus para abri-lo com nautilus para salvar arquivos.
Como posso fazer esses links abrir no nautilus?
Se isso não funcionar, tente editar ou adicionar:
x-scheme-handler/ftp=nautilus
para ~/.local/share/applications/mimeapps.list
ou
x-scheme-handler/ftp=nautilus-folder-handler.desktop
para /etc/gnome/defaults.list