rsync
fará isso para você, em um compartilhamento de samba ou em SSH. Veja man rsync
no seu sistema para ver os detalhes. rsync
está disponível como pacote do Cygwin.
Use -P
ou --partial
para retomar uma transferência interrompida.
Existem muitas perguntas sobre o rsync neste site; veja link para ver exemplos de como os outros estão usando.