O que você realmente quer fazer, se possível, é mudar para IMAP em vez de POP3.
Se o IMAP estiver disponível em seus servidores de e-mail, você pode tentar isto:
- Configurar uma segunda conta no Evolution conectando-se ao seu servidor de e-mail usando o IMAP
- Arraste e solte os e-mails na instância IMAP da conta.
Isso deve copiá-los de volta para o servidor de e-mail. Pessoalmente eu iria ficar com IMAP em vez de POP3 (eu uso IMAP para todas as minhas contas), pois é mais destinado a armazenar o e-mail no servidor enquanto o POP3 é destinado a baixar os e-mails para o computador cliente.