Isso tem a ver com o fato de que o Excel determina a quantidade de colunas por bloco de 16 linhas. Você pode facilmente determinar isso se você fizer uma planilha com duas colunas onde você deixa a segunda coluna vazia, exceto para cada, digamos, 40 linhas. No arquivo CSV, você encontrará blocos de 16 linhas com vírgulas à direita (e uma linha com os dados inseridos na coluna).
Exemplo: crie 60 linhas com uma coluna, onde o valor é "a", na primeira e na 40ª linha, coloque uma segunda coluna com o valor "b". Inspecione o arquivo CSV usando um editor.
A correção é colocar uma fórmula que é resolvida em uma string vazia, por exemplo="" nas células vazias.