Deve ser seguro usar um teclado e mouse que tenham sido usados anteriormente em uma máquina que esteja executando um código malicioso.
Esta resposta a uma pergunta semelhante no site do Security SE indica que alguns teclados contêm firmware atualizável que pode representar uma ameaça:
...some keyboards have upgradable firmwares, so some malware on a machine could send a malicious upgrade to the keyboard, contaminating it permanently.
No entanto, a resposta afirma (e eu ainda concordaria aqui em 2018) que a probabilidade disso é baixa.
O mesmo risco se aplica a um mouse, embora menos ratos suportem flash de firmware do que teclados.
Anedotamente, eu usei os mesmos cinco teclados / mouses para reparar centenas de computadores ao longo dos anos, incluindo aqueles com infecções por malware e eu nunca tive qualquer razão para suspeitar que eu estava trabalhando com código que era capaz de transmitir via esses periféricos.