Alt-F2 para abrir o equivalente do Ubuntu ao diálogo Executar. Em seguida, digite gksudo gedit /path/to/config/file
e aperte enter. Como alternativa, crie um ativador em sua área de trabalho ou no painel do gnome que inicie o gksudo.
edit: Este artigo diz para instalar o nautilus-gksu
na opção de abrir com o botão direito do mouse.