Bem, você meio que respondeu sua própria pergunta, infelizmente. O mais recente editor de Equações não é 100% compatível; alguns personagens serão diferentes em versões mais antigas do editor de Equações. Eu acho que existe uma maneira de salvar as fórmulas no Word 2007 usando a versão compatível, embora não me lembro se é possível.
Você pode ler mais sobre isso no artigo . Aqui está um breve resumo:
An equation created using the new Word 2007 equation editor will appear as an image that cannot be edited when you subsequently open the document in Word 2003. This is the case whether you saved the document in .docx (Word 2007) or in .doc (Word 2003) format.
No entanto, ele também mostra como criar uma equação no Word 2007 que pode ser lida e editada no Wrod 2003.