Você está encontrando caracteres invisíveis, não-marceneiro com largura zero (U + 200C) e espaço com largura zero (U + 200B), que provavelmente são adicionados por seu editor de texto. Você pode vê-los se colar em vim
:
String[]sepCmd=new String[]{"-i",overlayUri,"-i",uri,"-filter_complex","[1:v][0<200c><200b>:v]scale2ref[ua][b<200c><200b>];<200c><200b>[ua]setsar=1,format=<200c><200b>yuva444p,colorchanne<200c><200b>lmixer=aa=0.5[u];[b]<200c><200b>[u]overlay"<200c><200b>,outputPa<200c><200b>th}
Erros associados que você pode encontrar com essa infestação:
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Invalid stream specifier:
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No such filter: ''
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Error initializing filter
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Unable to find a suitable output format
Remova esses caracteres e use um editor de texto melhor: não o Notepad ou o MS Word.