Os sistemas de arquivos baseados em MS FAT têm um limite para o número de arquivos que podem ser armazenados no diretório raiz (algumas centenas de IIRC), e por causa da maneira longa de armazenar nomes de arquivos / diretórios por mais tempo +3 "consomem mais do que as entradas no limite.
Para os subdiretórios, o FAT32 permite ~ 65.000 entradas por subdiretório (novamente, nomes de arquivos longos ocupam mais de um slot), não tenho certeza sobre o FAT16 mais antigo. Outros sistemas de arquivos têm limites semelhantes (o ext2 / 3 tem um limite de entrada de 32.000 sem alguns ajustes) alguns não fazem ou efetivamente não (o NTFS permite ~ 4.000.000.000). Você atingirá problemas de desempenho em alguns sistemas de arquivos muito antes de atingir o limite de entradas por diretório, como alguns diretórios de pesquisa linearmente (FAT *, ext2, ext3, a menos que diretórios indexados específicos, ext4 e NTFS façam diretórios indexados por padrão IIRC) .