Ativar a verbosidade do rsync subir mostra o problema:
rsync_short_args -avvv
Saída:
[client] add_rule(-s "SKIPTHIS/")
Considerando que quando eu estava copiando e colando no shell, o shell estava consumindo aspas e o rsync dizia:
[client] add_rule(-s SKIPTHIS/)
Alterando a regra de exclusão no meu arquivo de configuração para:
exclude SKIPTHIS/**
funciona.