Usando o ImageMagick , você pode conseguir isso assim:
convert source.jpeg -white-threshold 75% target.jpeg
Todos os pixels na imagem de origem com um nível de brilho de 75% ou superior serão definidos como branco na imagem de destino. Basta jogar com o valor limite até obter algo que funcione bem. Pode ser um problema se partes do desenho ficarem mais brilhantes do que o papel em suas digitalizações, mas normalmente não deveria ser o caso.