Você vê algum aviso ou mensagem de erro nos registros do sistema? (clique com o botão direito do mouse em "meu computador", selecione "gerenciar" e, no utilitário que carrega, procure na seção "Visualização de evento" em "Sistema").
A menos que haja algum tipo de mensagem que dê mais pistas, a única coisa em que posso pensar é que você tem um dodgey ou perde energia ou cabo de dados e em algum momento há uma desconexão que o Windows vê como uma tentativa de desligue o dispositivo a quente. Se o dispositivo não suportar hot-plug, ele não será reconectado adequadamente até você reiniciar a máquina.
Portanto, verifique se todos os cabos da unidade estão conectados firmemente à unidade e à placa-mãe e à fonte de alimentação. Além disso, tente trocar os cabos por outros (os cabos de dados SATA são fáceis de obter e sua fonte de alimentação provavelmente possui conectores de energia SATA sobressalentes, talvez até mesmo em uma linha separada).