Muitas empresas remontam o msi com acréscimos personalizados.
Eu trabalho em uma empresa que passou por vários métodos de implantação. (Nem sempre por escolha!)
Primeiramente, no passado, eliminamos os MSIs por meio do GPO. A maioria deles seria instalada, modificada e depois reembalada. Se o software de reembalagem pegar todas as chaves de registro, arquivos, pastas etc da instalação, isso não é um problema.
Outros Repackers apenas adicionam um skin aos instaladores executáveis, fazendo com que pareça um MSI, na realidade, é apenas um exe.
Existe outro tipo que permite modificar o próprio MSI. Este é provavelmente o mais perigoso devido ao potencial de erro do usuário. Se você não criou o MSI, não tem uma compreensão completa de como ele foi construído e a intenção de cada parte. Pode até não haver documentação do que é tudo.
No caso acima, você pode muito bem estragar a implantação. O "Desastre" que se seguiria dependeria muito de onde você cometeu o erro e o que você editou. Isso é o mesmo com a implantação de software ou a criação de erros em um comando no prompt de comando.
SO TLDR: Desastres são possíveis, a gravidade depende do que você fez. A maneira que você mencionou fazendo isso, você configurou o MSI em uma área familiar, a GUI. A máquina pega as mudanças para você.