Já tentou cancelar a assinatura da interface web do Ubuntu One?
Vá para one.ubuntu.com/files/ e sob Minhas pastas sincronizadas existe uma lista das pastas fora de ~/Ubuntu One
que você sincronizou. Clique no link Mais ao lado da pasta que deseja interromper a sincronização e, em seguida, clique no link Parar de sincronizar esta pasta .