Eu vou ser chamado pelos gurus do FFMPEG, mas aqui está como eu faria:
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divida o estéreo .wav em dois arquivos mono - left.
ffmpeg -i stereo.wav -map_channel 0.0.0 left.wav -map_channel 0.0.1 right.wav
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amplifly left.wav
ffmpeg -i left.wav -af "volume=1.5" left.wav
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junte os arquivos mono juntos
ffmpeg -i left.wav -i right.wav -filter_complex "[0:a][1:a]amerge=inputs=2[aout]" -map "[aout]" output.mka
Mais informações aqui: link