O Beyond Compare não pode "abrir com" o Notepad ++ para arquivos remotos , apenas para arquivos locais porque o BC envia o caminho remoto completo para o programa "abrir com". Está na lista de desejos do BC, mas simplesmente ainda não é possível.
BC não usa cópias temporárias locais de arquivos remotos da mesma maneira que o WinSCP. Além disso, a própria NPP não pode abrir arquivos remotos, pois entende apenas os arquivos locais (não possui interface SFTP).
Portanto, não há atualmente nenhuma maneira de fazer o que eu quero fazer. Fique com o WinSCP, ou fique com o BC, ou use um mix dependendo do que é importante na tarefa específica.