Eu usei o Gifsicle para fazer isso. Você pode instalá-lo com homebrew.
brew install gifsicle
Em seguida, para redimensionar uma imagem usando a interpolação de vizinho mais próximo, execute
gifsicle --resize 512x512 --resize-method sample doodle002.gif > doodle002-big.gif
No manual para o parâmetro --resize-method :
The ‘sample’ method is a point sampler. Each pixel position in the output image maps to exactly one pixel position in the input, so when shrinking, full rows and columns from the input are dropped.
Mesmo que isso não diga explicitamente "Interpolação do vizinho mais próximo", o método descrito soa exatamente como o vizinho mais próximo.