Não estou muito familiarizado com as ferramentas de ajuste do Unity, já que faço pequenos ajustes no terminal principalmente.
Existe uma maneira de alterar o tamanho do cursor no terminal e é automatizado:
dconf write /org/gnome/desktop/interface/cursor-size 48
Você pode alterar o 48 para qualquer número de sua escolha e, se o cursor ainda for reinicializado após as reinicializações, tente criar um comando de inicialização que altere o tamanho para você.
:)