Eu comecei recentemente a ter isso. Foi causado por Tomboy, o programa de anotações. Por alguma razão, isso faz com que o desligamento fique muito lento (vejo a área de trabalho por 10 ou 15 segundos antes que ela realmente seja desativada).
Agora não deixo mais o Tomboy iniciar o login e o problema desapareceu.
adicionado - Este é um bug conhecido: Bug # 880290 Tomboy causando atraso no logout ou desligamento