As cores usadas para indicar o status do arquivo (modificado, adicionado, etc.) podem ser alteradas em Preferences -> Editor -> Colors & Fonts -> File Status
. Parece que você está usando algum esquema de cores de editor (Monokai? Crepúsculo?) Que tem cor azul escura usada para arquivos modificados. Certifique-se de pressionar Salvar como para salvar uma cópia do seu esquema - os esquemas predefinidos não são editáveis