Esse é um bug conhecido no Chrome: Problema 4575: a pasta Documents \ Downloads é criado mesmo quando o local de download é diferente .
Este relatório de bug remonta a 2008, foi brevemente fixado no final de 2008, mas foi relatado como estando de volta em setembro de 2009.
O próprio relatório de bug foi fechado em dezembro de 2008 e esse comentário foi adicionado 11 de outubro de 2012:
This issue has been closed for some time. No one will pay attention to new comments. If you are seeing this bug or have new data, please click New Issue to start a new bug.
Você pode iniciar um novo problema de relatório de bug e esperar que algum desenvolvedor ambicioso vai enfrentar esse bug de sete anos.
Pergunta: Esta pasta volta mesmo depois de ter limpou a lista de arquivos baixados?