Ambos são precisos, mas estão mostrando coisas diferentes (embora relacionadas).
Primeiro, observe que o Chkdsk só está preocupado com o sistema de arquivos e não faz muita coisa com áreas do disco não alocadas, exceto digitalizá-las em busca de setores danificados. Sua ferramenta de partição, no entanto, porque é um particionador, está preocupada com a geometria do disco, por isso se preocupa com setores específicos do disco.
No seu caso, verifique seus dados SMART. É provável que você tenha 9 setores realocados.
À medida que seu sistema encontrar setores defeituosos, ele "marcará" (anote-os), para limpeza posterior. Estes são referidos como "setores pendentes atuais". Essencialmente, neste momento, percebeu que algo está quebrado. ainda não foi consertado.
Quando o chkdsk é executado, ele substituirá outro setor não utilizado pelo ruim, marcando o setor defeituoso como off-line para o sistema de arquivos e convertendo todas as chamadas para o setor defeituoso em endereços para o bom. Isso é chamado de Realocação de Setor / Bloco, e "corrige" o problema, de tal forma que as chamadas para o setor defeituoso não são mais possíveis, e o bom setor é chamado em seu lugar. Quando isso acontece, o setor é removido da contagem SMART "Current Pending Sectors" e adicionado à contagem Reallocated Sector.
Isso é importante para entender, porque da próxima vez que você executar o chkdsk, ele não reportará os 12KB em setores danificados (a menos que sejam setores diferentes, danificados) porque já os processou, mas a ferramenta de particionamento continuará a mostre os setores ruins reais.
Agora, até onde você está vendo, seu sistema de arquivos armazenava 12 KB de dados em setores que agora estão ruins. Isso pode representar todos ou apenas alguns dos setores defeituosos que o particionador detecta. A diferença de tempo é causada pelo chkdsk, ignorando setores que não foram alocados pelo sistema de arquivos, mas o particionador verifica todos eles. O chkdsk não se preocupa com setores defeituosos nos quais ele ainda não possui dados, por isso não informa sobre eles.
De qualquer forma, verifique seus dados SMART, e se você observar a contagem do setor realocado ou a contagem do setor pendente atual, é hora de considerar a substituição do disco. Quando você tem mais do que alguns setores defeituosos, eles tendem a crescer a uma taxa aproximadamente exponencial, o que pode resultar em enormes falhas de dados à medida que o disco se aproxima da falha.