A configuração do proxy em update-manager aparentemente acontece nas linhas 179--228 do arquivo /usr/share/pyshared/UpdateManager/Core/utils.py (verificado no Lucid, os números de linha e o nome do arquivo podem ser diferentes em outras versões). Apesar do que o comentário diz, o código procura configurações de proxy nesta ordem:
- a configuração
Acquire::http::Proxyem/etc/apt/apt.conf - As configurações
Synaptic::useProxy,Synaptic::httpProxy,Synaptic::httpProxyPortem/root/.synaptic/synaptic.conf - as configurações de
/system/http_proxy/*no gconf
O primeiro encontrado define a variável de ambiente http_proxy para processos filhos (isto é, aqueles que realmente executam a atualização / atualização).
Portanto, meu conselho seria tentar adicionar essa linha a /etc/apt/apt.conf :
Acquire::http::Proxy "http://proxyhost.example.org:8080/";
A sintaxe exata está documentada na página man do apt.conf (5)