O Synergy tem a capacidade de remapear as chaves fora da caixa.
Na máquina do servidor MacOS, pare o processo do servidor e clique em "Configurar Servidor". Clique duas vezes na tela para a qual deseja remapear as teclas e, em seguida, no lado direito do painel, refaça "Ctrl" para "Super" e vice-versa. Feche todas as janelas pop-up, pressione Aplicar o processo de início do servidor.