O ícone da bandeja (não é um indicador de aplicativo) deve ser transparente.
Há um relatório de bug sobre isso: link .
Eu instalei o belo aplicativo "Listen" esta manhã, no entanto, quando eu iniciei, seu applet dentro do menu de indicadores foi mostrado de alguma forma ecológico.
Meu primeiro pensamento foi que, bem, talvez o png é realmente com um fundo verde (mesmo que isso não faria sentido). Mas eu verifiquei todos os ícones em /usr/share/listen/img/ e, até onde eu sei, eles estão todos com um fundo transparente.
Estou executando o Netbook Remix 10.04.1 em um Asus Eeepc 1002HA