Resposta curta:
Sua GPU está funcionando como deveria pelo que eu li. O problema que você está enfrentando é apenas a configuração do BIOS, e é muito comum e fácil de corrigir.
Mais explicação:
Quando a placa-mãe fabrica as placas-mãe, elas fazem da GPU integrada a GPU principal para funcionar na BIOS. Portanto, placas-mãe comuns não reconhecerão a GPU externa no modo BIOS, a menos que você altere essa configuração. É por isso que o seu LED não funciona na GPU externa até que o Windows seja inicializado. Então, sua conclusão está correta.
Solução:
A solução é apenas entrar no BIOS e, em seguida, alterar as configurações PCI-e como a tela principal, em vez da Intel integrada. (na maioria das vezes você o encontrará na guia Avançado ) e procure por " Adaptador Gráfico Primário " ou Configuração de Vídeo e altere-o para PCI-e ou PCI (depende de qual slot seu GPU está instalado) .
Nota: As configurações ou nomes podem ser diferentes de BOIS para outro, mas se você encontrou esta opção com nomes curtos, vá com este guia:
PCI: são os slots largos localizados no final da placa-mãe.
PCI-E (PCIE): AKA (PCI-Express) igual ao PCI, mas possui slots mais largos que o PCI, e a maioria GPU usá-lo e localizado com os slots PCI.
IGP: AKA Placa gráfica interna (GPU incorporada).