Neste ponto, não estou 100% por isso, mas depois de reiniciar minha máquina hoje, o desempenho parece estar de volta a como estava em 10.04.
Analisando o histórico da minha Central de Software, vejo que compiz
, compiz-core
, compiz-gnome
, compiz-plugins
e libdecoration0
foram atualizados hoje. Eu também removi banshee
e rhythmbox
, o que pode ter tocado em alguma biblioteca de gráficos ou algo assim (eu estou pensando que é um tiro no escuro embora).
Não se esqueça de atualizar essa resposta se eu descobrir exatamente qual era o problema, mas, enquanto isso, eu diria que a atualização do Compiz provavelmente foi a correção.