Você pode usar xdotool :
xdotool search --all --onlyvisible --class nautilus windowactivate %@
Vai procurar janelas no WM_CLASS "nautilus" e depois foca essas janelas.
Para descobrir o WM_CLASS de uma janela, use esse comando:
xprop WM_CLASS
Em seguida, clique na janela desejada. A saída seria (no caso do nautilus):
WM_CLASS(STRING) = "nautilus", "Nautilus"
O primeiro é a classe e o segundo, o nome da classe. Você pode usar esses valores com xdotool como acima. Não importa o título da janela.