Calcule a diferença:
9866 - 5770 = 4096 or 4KB
No Linux, cada pasta é, na verdade, um arquivo. E esse arquivo é (mínimo) 4096 bytes. Tem informações sobre os arquivos nessa pasta em formato de texto. Você pode abri-lo em Vim ou Nano e ver o que é. Se a pasta tiver muitos arquivos e subpastas, ela será maior que 4KB.
Abra o arquivo da pasta no vim (sem terminar /):
vim /mydir
Para comparar tamanhos, você precisa excluir pastas da equação.
Se você tiver problemas para fazer o upload de todos os dados, crie uma VM local do Centos no Virtualbox com o mesmo sistema de arquivos, faça o upload para o mesmo cliente FTP e compare os resultados no Centos com os do Redhat.