Se você precisar que ele seja acessível como um sistema de arquivos regular, então deve ser montado - seja via cifs.ko ou via FUSE - não há uma boa maneira de contornar isso.
No entanto, os programas GNOME, Xfce ou KDE possuem suas próprias camadas de sistema de arquivos virtual, chamadas Gvfs e KIO, respectivamente. Ambos permitem que você acesse smb://server/share/...
dentro do programa, desde que os clientes necessários (gvfs-smb) estejam instalados.
(Em teoria, seria possível criar algo semelhante que pudesse ser carregado em qualquer programa. Mas eu não vi nenhuma tentativa de fazê-lo; acho que é um desperdício de tempo, dada a existência do FUSE. )
Por fim, se você precisar apenas transferir alguns arquivos, poderá usar a ferramenta smbclient
do tipo ftp.