Encontrei a resposta agora e postamos aqui para todos. Podemos chamar o Lync como abaixo
Lync im:<sip:user1@host><sip:user2@host><sip:user3@host>
Isso abrirá uma janela de bate-papo em grupo para todos os três usuários. Fonte Parâmetros de linha de comando do Lync 2013 . Uma coisa a lembrar é, não forneça seu próprio ID na lista SIP, pois ele não abrirá nenhuma janela de bate-papo.