Estou tentando executar alguns scripts (python, java, etc). Os desenvolvedores em sua documentação dão o código para eu colocar. Aqui estão alguns exemplos:
java -Xmx2g -jar muTect-XXXX-XX-XX.jar
--analysis_type MuTect
--reference_sequence <reference>
--cosmic <cosmic.vcf>
--dbsnp <dbsnp.vcf>
--intervals <intervals_to_process>
--input_file:normal <normal.bam>
--input_file:tumor <tumor.bam>
--out <call_stats.out>
--coverage_file <coverage.wig.txt>
ou
$ sudo easy_install virtualenv
Aqui está o que eu fiz até agora: 1) No windows 7, instalei o Cygwin; 2) Eu instalei o Ubuntu para qualquer computação baseada em Linux.
Meu problema: eu tentei colocá-los em cygwin, alterando todas as referências aos meus caminhos de arquivo e afins. No entanto, parece que não consigo fazer nada funcionar. Eu suponho que estou fazendo algo muito básico errado. Alguém tem algum insight ou um tutorial MUITO BÁSICO sobre como começar? Eu nem sei quais termos de pesquisa usar no Google para encontrar esse tipo de coisa.
Obrigado por qualquer ajuda.
Você precisa instalar o Java Runtime Environment (JRE) para executar os JARs (que são programas compilados, não scripts).
O JAR pode então ser iniciado através do prompt de comando cmd normal (não é necessário o Cygwin) ou até mesmo clicando duas vezes no Windows Explorer. Desde que você quer passar argumentos para ele, você deve executá-lo a partir do prompt de comando.
Nem todos os comandos semelhantes ao UNIX funcionarão no Windows, mesmo com o Cygwin instalado, portanto, isso pode ser a fonte de parte de sua confusão.
Você não mencionou se instalou o Java Runtime (como Karen aponta) nem se você instalou o Python. Fazer tudo isso sob o Windows / Cygwin é realmente complicar as coisas. Eu ficaria na sua caixa Ubuntu por enquanto até você entender melhor as coisas. O Linux (por exemplo, o Ubuntu) é mais amigável em termos de linha de comando do que o Windows, até você pegar o jeito das coisas.
Para aplicativos Java, você provavelmente não precisará do Cygwin, já que o Java é muito bom em ser multi-plataforma. Portanto, tente executar esse comando a partir de um prompt de comando do Windows. Apenas esteja ciente de que você o escreveu em várias linhas, se você quiser colocá-lo diretamente no prompt de comando, ele deve estar em uma linha com espaços substituindo as novas linhas. Além disso, o comando faz referência a vários arquivos de recursos e códigos que precisam estar na pasta da qual você está emitindo o comando, a menos que você adicione prefixos de pasta a eles.
Minha recomendação strong para você é começar com o Ubuntu e o Python. O Python é uma excelente linguagem para aprender sobre computadores e programação, e há centenas de tutoriais realmente bons a apenas uma distância do Google. Usando esses recursos, você passará rapidamente da execução do código Python interativo básico para o carregamento de código de um arquivo, aprendendo sobre as pastas à medida que avança. Quando você tiver classificado, o resto começará a se encaixar.
Passar para ambientes virtuais Java e Python é um pouco mais avançado.