Quando terminar de editar sua .bash_history, você precisa reiniciar sua sessão bash - e dependendo se tudo o que você está tentando esconder / remover foi feito em sessões anteriores ou anteriores, talvez seja necessário se livrar delas também.
Meu entendimento é que o BASH mantém seu histórico na memória e o grava no disco ao sair. Assim, você precisa sair do bash de tal forma que não grave o histórico da memória de volta ao disco. Para fazer isso, digite o comando "kill $$" na linha de comando, que diz ao BASH para matar o processo atual que é ele mesmo! Isso ignora a gravação do arquivo de histórico no disco.