Você pode usar o pacat, que faz parte do pulseaudio.
Primeiro, abra sua inscrição. Então corra lista pactl e encontrar o seu dispositivo. no meu exemplo, vou usar o chrome
snipet:
Client #229
Driver: protocol-native.c
Owner Module: 8
Properties:
application.name = "Chrome input"
native-protocol.peer = "UNIX socket client"
native-protocol.version = "28"
application.process.id = "16404"
application.process.user = "robert"
application.process.host = "HS"
application.process.binary = "chrome"
application.language = "en_US.UTF-8"
window.x11.display = ":0.0"
application.process.machine_id = "15d4d55cf80e320acb892977520d0894"
application.process.session_id = "c1"
Vou pegar o nome do aplicativo e executar o pacat.
pacat -r -n "Chrome input" | sox -t raw -r 44100 -s -L -b 16 -c 2 - "output.wav"
Você também pode usar o pacat para capturar de um dispositivo, etc. a página de manual do pacat tem mais algumas informações