Você pode tentar dizer ao disco para parar antes de desligar enviando este comando:
echo 1 > /sys/block/sdX/device/delete
Onde você substitui sdX
pelo nome do dispositivo atribuído ao disco rígido.
No meu sistema, recebo esta mensagem no dmesg
output:
[270171.642196] sd 7:2:0:0: [sdh] Synchronizing SCSI cache
[270171.642346] sd 7:2:0:0: [sdh] Stopping disk