Algumas coisas podem estar acontecendo.
Qual formato é o USB? É NTFS, FAT ou ext? Se você reformatar para ext, pode degradar seriamente o desempenho, mas será um pouco mais compatível com o Linux.
Se for NTFS, você tem certeza de que os drivers NTFS estão carregados? Lembro-me de que precisava carregar explicitamente os drivers para acessar o NTFS.
Você está executando o Raspian no Pi? ou Arch?
O Raspian é mais completo e deve oferecer melhores resultados.
Finalmente. Eu sei de primeira mão que o Pi / Raspian tem um problema com os sistemas de arquivos que são lidos somente após centenas de pequenas gravações. Eu estava registrando dados para o meu Pi e pendurou porque o cartão SD foi lido somente. Mudei a raiz fs para um USB e fiz a mesma coisa. Eu tentei outro Pi. Mesma coisa novamente. Mudei o log para outro host (via comando ssh) e os problemas pararam. Eu acho que é uma coisa do kernel.