Cenário 1:
Você terá que transformar o novo servidor no roteador ou gateway para todos os PCs conectados ao switch. Você também terá que disponibilizar o servidor em todas as VLANs (criando interfaces IP virtuais) e também conectá-lo a uma porta VLAN de tronco no switch, para que possa rotear o tráfego de uma VLAN para outra.
Cenário 2:
Você também pode conectar o servidor a ambas as VLANs usando duas interfaces de rede físicas, cada uma delas conectada a cada VLAN que tenha PCs (que precisam acessar o servidor) nela. Isso usará duas portas em vez de uma, como o exemplo acima faria.
Nota:
Isto supõe que o seu servidor pode ser configurado dessa maneira.
Caso contrário, você provavelmente terá que envolver um roteador.