O fato de funcionar na linha de comando exclui várias das possibilidades mais comuns. A causa restante mais provável é ter o primeiro servidor DNS configurado não respondendo, pois o tempo limite será um pouco mais rápido do que o obtido na linha de comando. O que há no /etc/resolv.conf? Se 127.0.0.1 for o primeiro, certifique-se de que sua configuração em Serviços & DNS Forwarder está configurada para escutar no host local (ou todos).