Não se preocupe, é um pequeno 'recurso indesejável' com arquivos vazios, mas funciona como quiser.
Se você abrir um documento de texto em branco, como você diz, ele mostrará Encode - Encode in ANSI , mas se você adicionar algum texto (mesmo apenas um único caractere), salve-o e reabra o arquivo de texto que ele mostra corretamente Encode - Encode in UTF-8 without BOM .
Você também deve descobrir que, se realmente criar o novo arquivo a partir do Notepad ++ (ou seja, File - New ), ele mostrará corretamente Encode - Encode in UTF-8 without BOM .