O comando cp sem um segundo operando apenas falhará com um erro.
O && não conta como um operando, pois significa "executar o seguinte comando se o primeiro for bem-sucedido". O primeiro comando é o cp e seria um erro, então a parte após && seria descartada.
Se se tivesse o comando ..\..\..\ não é válido, é apenas um caminho.
Portanto, o diretório .cordova estará em seu local original e em nenhum outro lugar.