Você está usando a fonte padrão Cantarell do Ubuntu Gnome. Embora eu goste dessa fonte, mas ela é um pouco mais alta, o que está causando o agrupamento de rótulos de menu.
Instale gnome-tweak-tool
e altere a fonte para algo diferente de Cantarell. Você pode experimentar a fonte do Ubuntu ou instalar fonts-croscore
package e usar a fonte Arimo , que é um ótimo substituto da fonte Arial.
Em geral, você pode usar este agradável patch openjdk8 para aplicativos Java no Linux para superar o feio antialiado clássico do java parece. O problema é que este patch só funciona para o OpenJDK8 até onde eu sei.