Se você ler esta página do fórum do Arch Linux , verá que várias pessoas tiveram o mesmo problema que você tem. O consenso parece ser que o GRUB2 tem problemas para inicializar uma partição lógica.
No entanto, é impossível fazer uma recomendação precisa no seu caso, porque você não inclui informações suficientes em sua postagem. Seria útil ter a saída de fdisk -l para o HDD e o pendrive, a marca e o modelo de seu BIOS e a confimação (presumo ...) que você está usando o modo legado do BIOS, não inicializa o UEFI. Além disso, não está claro para mim se o GRUB2 está reclamando de uma tabela de partição inválida no HDD ou no pendrive.